O leite de búfalos possuí elevado valor comercial devido as características do leite, com alto rendimento na produção de derivados, principalmente o queijo, que é o produto de praticamente toda a produção no país. As caseínas são as proteínas mais abundantes do leite, e dentre elas se destaca a kappa-caseína, codificada pelo gene CSN3. Dentre suas funções, a kappa-caseína possuí um importante papel na estabilização das micelas de caseína, podendo alterar o processo de coagulação do leite, crucial para a produção dos derivados. Já foram encontradas 11 variantes alélicas para o gene CSN3 em bubalinos, porém o A e o B são os mais comuns, e o B é associado ao aumento de 8 a 10% no teor de proteína do leite, além do aumento de gordura, o que pode influenciar na produção de queijo pela maior coagulação, quando comparamos com a variante A. Existe a possibilidade de se obter marcadores moleculares de genes que codificam as principais proteínas do leite para selecionar características específicas. Este estudo objetivou a genotipagem do gene CSN3 da kappa-caseína em 538 bubalinos de seis propriedades localizadas no Estado de São Paulo, sendo 523 fêmeas e 15 machos. A genotipagem foi feita através da padronização de uma metodologia baseada em qPCR seguida da análise de HRM. Desse montante, um total de 100 amostras de DNA dos animais foram enviadas para o sequenciamento pelo método de Sanger para validação das técnicas e identificação das variantes presentes no gene CSN3. Com a genotipagem, foram encontrados apenas os alelos A e B, com as seguintes frequências: 68,7% e 31,3% respectivamente, e as frequências genotípicas foram AA 46,3% (249 animais), AB 44,8% (241 animais) e BB 8,9% (48 animais).